Un tempo la Murgia era ricca di boschi di querce, tagliati sia per fare posto ai pascoli per le pecore sia per togliere rifugio ai briganti che vi si nascondevano. I boschi che oggi possiamo visitare sono costituiti da alberi abbastanza giovani e le querce secolari sono poche e isolate, sorgendo spesso vicino alle masserie. Sulla Murgia crescono diversi tipi di querce: la più comune roverella, il fragno, la coccifera, il leccio, il cerro e il farnetto.
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